El sector salud en Colombia tiene un marco tributario y contable muy específico que lo diferencia de otros sectores. Desde la exclusión de IVA en servicios médicos hasta las particularidades de la facturación electrónica para IPS, pasando por la nómina de profesionales de la salud — hay muchos elementos que un contador debe dominar para asesorar bien a clientes en este sector. Esta guía cubre los puntos clave.

El régimen tributario especial del sector salud

Una de las características más importantes del sector salud en Colombia es que los servicios médicos, odontológicos y hospitalarios están excluidos de IVA (artículo 476 del E.T.). Esto significa que:

  • Los hospitales, clínicas, IPS y consultorios médicos no cobran IVA por sus servicios de salud.
  • El IVA que pagan en sus compras (equipos, insumos, servicios) no es descontable — se convierte en mayor costo.
  • No son responsables del IVA por la prestación de servicios de salud (aunque pueden serlo si tienen otras actividades gravadas).

Esta exclusión aplica a servicios propiamente de salud: consultas médicas, hospitalizaciones, procedimientos quirúrgicos, servicios de laboratorio, diagnóstico por imágenes, servicios de urgencias, etc.

¿Qué sí puede estar gravado?

Algunas actividades del sector no son servicios de salud en sí y pueden estar gravadas:

  • Venta de medicamentos y dispositivos médicos: no es un servicio de salud y su tratamiento depende de la partida arancelaria. Los medicamentos de las partidas 30.03 y 30.04 están exentos (art. 477 del E.T.), productos como gasas y vendas de la partida 30.05 están excluidos (art. 424 del E.T.) y otros bienes pueden estar gravados.
  • Servicios de estética o cosmética no terapéutica.
  • Cafeterías y restaurantes dentro de la instalación.
  • Arrendamiento de consultorios a médicos.

Facturación electrónica en el sector salud

El sector salud tiene una dualidad en facturación:

Factura electrónica DIAN

Como cualquier empresa, las IPS y consultorios deben emitir factura electrónica de venta ante la DIAN para todos sus servicios. Los servicios de salud van sin IVA (exclusión), pero la factura debe generarse, transmitirse a la DIAN y enviarse al pagador (paciente, EPS, empresa).

RIPS: soporte de la factura electrónica en salud

Además, el sector salud tiene su propio registro de prestaciones: el RIPS (Registro Individual de Prestación de Servicios de Salud). Desde la Resolución 2275 de 2023 del Ministerio de Salud, el RIPS (en archivo JSON) es el soporte de la factura electrónica de venta en salud. Se valida en el mecanismo único de validación del Ministerio, que expide un Código Único de Validación (CUV), y se presenta con la factura a la entidad responsable de pago. El RIPS no reemplaza la factura electrónica DIAN: la complementa como su soporte.

Facturación a EPS: particularidades contables

Las IPS que prestan servicios a pacientes de EPS tienen un ciclo de facturación complejo:

  • Prestan el servicio al paciente.
  • Radicación de la factura con RIPS a la EPS.
  • La EPS tiene plazos para objetar, glosar o pagar la factura.
  • Las glosas (rechazos parciales) generan ajustes contables.
  • Los plazos de pago de las EPS suelen ser de 30-60 días.

Contablemente, el tratamiento de las glosas requiere cuidado: no se debe reversar el ingreso total por una glosa — solo se ajusta la parte glosada definitivamente. Las glosas en proceso de conciliación se manejan como cuentas por cobrar en disputa.

Nómina en el sector salud: las complejidades del personal médico

El personal del sector salud tiene modalidades de contratación variadas:

  • Médicos y especialistas por prestación de servicios: muchos médicos no son empleados sino contratistas independientes. Como perciben rentas de trabajo no laborales, por regla general se les practica retención con la tabla del art. 383 del E.T. (parágrafo 2). Si le piden al pagador que les reste costos y deducciones, se aplica la tarifa de honorarios: 10%, u 11% si el contrato o los pagos del año superan 3.300 UVT (arts. 1.2.4.1.17, parágrafo 4, y 1.2.4.3.1 del DUR 1625 de 2016). En ningún caso la tarifa depende de si son declarantes.
  • Personal administrativo y auxiliar: generalmente contrato de trabajo con todas las prestaciones sociales.
  • Médicos en modalidad mixta: algunos tienen contrato de trabajo para algunas funciones y contrato de servicios para otras — requiere un análisis cuidadoso para evitar problemas laborales.

El RADIAN y las facturas de proveedores médicos

Como cualquier empresa, una IPS o consultorio médico recibe facturas electrónicas de sus proveedores: equipos médicos, insumos, medicamentos, servicios de mantenimiento, arrendamientos. Cuando la compra es a crédito o con plazo, para que la factura soporte costos y deducciones la entidad debe confirmar el recibo de la factura (evento 030) y el recibo del bien o servicio (evento 032), según el art. 616-1 del E.T. La aceptación expresa (evento 033) no es un requisito fiscal: le da a la factura efectos de título valor.

En una clínica u hospital mediano, el volumen de facturas de proveedores puede ser muy alto. SisteAcuse automatiza los tres eventos RADIAN para cada factura recibida, sin importar el volumen. Esto es especialmente relevante en el sector salud, donde el equipo administrativo ya está ocupado con la gestión de pacientes, citas, RIPS y glosas de EPS — agregar la gestión manual de eventos RADIAN es una carga evitable.

Impuesto de renta del sector salud

Las entidades del sector salud pueden estar en tres regímenes tributarios:

  • Régimen ordinario: IPS privadas con ánimo de lucro, consultorios, clínicas corporativas.
  • Régimen Tributario Especial (RTE): fundaciones, corporaciones y asociaciones del sector salud sin ánimo de lucro, reconocidas por la DIAN, que reinvierten sus excedentes en el objeto social.
  • Entidades públicas: hospitales públicos, cuyo tratamiento es diferente al del sector privado.

Para las entidades del RTE, el beneficio neto o excedente (determinado según el art. 357 del E.T.) está exento de impuesto de renta cuando se destina, en el año siguiente, a programas del objeto social y de la actividad meritoria (art. 358 del E.T.). Sin embargo, tienen obligaciones específicas de reporte a la DIAN y de actualización anual de su calificación en el RTE (art. 356-3 del E.T.).

Patrimonio y activos del sector salud

Las entidades de salud suelen tener activos especializados de alto valor: equipos de imagenología (resonancias magnéticas, tomógrafos), equipos quirúrgicos, equipos de laboratorio. La depreciación de estos activos bajo NIIF requiere estimaciones de vida útil realistas:

  • Equipos de diagnóstico de alta tecnología: 7-12 años según el modelo y el avance tecnológico.
  • Mobiliario hospitalario: 10-15 años.
  • Infraestructura de las instalaciones: hasta 25-30 años.

La obsolescencia tecnológica en el sector salud es más acelerada que en otros sectores — un equipo puede tener vida útil física de 15 años pero quedar tecnológicamente obsoleto en 7. Esto debe considerarse en la estimación de vida útil bajo NIIF.